Le territoire de la ZIP couvre la rive sud de l’estuaire moyen et de l’estuaire maritime. Il s’étend de Berthier-sur-Mer dans la MRC de Montmagny aux Méchins dans la MRC de Matane , couvrant ainsi près de 624 km de la rive sud (incluant les îles habitées).
La Zone d’intervention prioritaire du Sud-de-l’Estuaire couvre deux milieux distincts du Saint-Laurent : l’estuaire maritime et l’estuaire moyen.
L’Estuaire maritime
Le secteur de l’estuaire maritime du Saint-Laurent s’étend de l’Isle-Verte à l’ouest jusqu’aux Méchins à l’est. Il communique en amont avec le moyen estuaire et en aval avec le golfe du Saint-Laurent. Le bilan régional de l’estuaire maritime couvre à la fois la rive nord et la rive sud, cependant ce résumé traite particulièrement de la rive sud qui fait partie du territoire couvert par le comité Zone d’intervention prioritaire (ZIP) du Sud-de-l’Estuaire.
Le territoire de la rive sud de l’estuaire maritime se démarque par la présence d’habitats côtiers abritant une faune et une flore riveraines et marines diversifiées. Les îles sont utilisées de façon intensive par les oiseaux aquatiques pour la nidification. Les marais salés concentrés dans la région de l’Isle-Verte sont fréquentés par la sauvagine en migration et les couvées de canards.
Le fond de l’estuaire maritime constitue une trappe pour les matières en suspension transportées par le fleuve Saint-Laurent et les couches d’eau profondes. Les substances toxiques associées aux matières en suspension sont retenues dans les sédiments. Toutefois, depuis le début de l’ère industrielle, aucune des substances toxiques étudiées n’a atteint un niveau de pollution élevé dans les sédiments de ce secteur.
L’Estuaire moyen
Le secteur de la rive sud de l’estuaire moyen comprend les milieux côtiers, aquatiques et insulaires situés le long de la rive sud du Saint-Laurent entre Montmagny et Cacouna. Les limites ouest et est du secteur correspondent aux limites amont et aval de l’estuaire moyen, alors que la limite au centre du Saint-Laurent correspond à la frontière entre les municipalités régionales de comtés de la rive sud (Montmagny, l’Islet, Kamouraska et Rivière-du-Loup) et celles de la rive nord (Côte-de-Beaupré, Charlevoix, Charlevoix-Est). Le secteur est caractérisé par des côtes au relief peu accidenté, de larges estrans, une grande superficie de milieux humides et de nombreuses îles et îlots.
La flore et la faune dans la partie amont sont dominées par des espèces d’eau douce qui tolèrent les faibles salinités et une turbidité élevée, alors que dans la partie aval, elles sont dominées par des espèces marines qui tolèrent des variations importantes de salinité. Au centre, la faune et la flore sont peu diversifiées et sont dominées par quelques espèces typiquement estuariennes.
Les nombreuses îles et îlots abritent un grand nombre de colonies d’oiseaux et d’échoueries de phoques. Le béluga utilise intensivement la partie aval du secteur, du printemps à l’automne.
Le port de Gros-Cacouna représente le seul port commercial d’importance. L’esturgeon noir et l’anguille d’Amérique sont les deux principales espèces pêchées commercialement. La chasse à la sauvagine, la villégiature et le récréotourisme sont des activités très importantes.
Depuis le début du XXe siècle, près de 1 000 hectares de milieux humides ont été perturbés ou carrément éliminés le long des rives. Les perturbations proviennent surtout de l’endiguement à des fins agricoles de la partie supérieure des marais intertidaux. Depuis les années 70, une baisse importante des apports de contaminants provenant de sources éloignées et locales de pollution a été remarquée.
